是的。
1)样本制备中的问题:跑胶本?会有蛋?轻微的交叉污染，蛋?条带的扩散等；质谱检测灵敏度很?，对于出现上述交叉污染的蛋?，即使含量较低，也会被检测到；
2)测到的肽段匹配到蛋?上。由于不同的蛋?会出现部分序列相似的情况，那么该肽段同时也存在并可能匹配到其他蛋?上，所 以就会有?客户?标分?量的蛋?。建议：由于客户切割的蛋?为某?分?量范围，所以该分?量范围内的蛋?含量是相对?较?的。可以通过先对蛋?相对定量值进?排序(由?到?)，然后再按照此排序，找客?需要分?量范围的蛋?。
对照组和处理组实验设计是否有问题，基因敲除是否?净，是否有补偿调控等等；样本跑胶时出现了不同程度的污染，泳道之间也会有残留，此类污染到的蛋?定量值应该偏低。
(1)pH值2-3的?氨酸buffer洗脱，?氧化还原反应；
(2)加?loading buffer煮沸；
(3)小肽竞争结合，?般适?于标签蛋?的IP富集。
合并搜库：是指客?的样本上机结束后，所有样本的下机数据数据进行合并搜库，搜库完成后，所有的样本数据会展?在同一张表里，出?份结题报告；
优点：数据合并搜库，搜库的定量数据均?性好，系统误差小，便于客?将不同样本进??较分析其的表达量情况；
缺点：所有的样本数据会展?在同?张表?（鉴定结果及功能注释结果都放在?起展?），不便于客?单独查看每个样本的蛋?情况，比如覆盖度或者unique肽段情况（即数据不好拆）；
分开搜库：是指客?的样本上机结束后，所有样本的下机数据数据单独搜库，搜库结束后，且会单独出结题报告。不同的样本的数据会放在不同的表中进?结果展?；
优点：每个样本都有??单独的鉴定的结果?件，便于客?单独查看每个样本的蛋?情况；缺点：?法对不同的样本进??较分析，因为分开搜库的样本数据之间?法对不同样本进?均?化处理，无法放在?起分析；
建议：10个样本以下分开搜库；10个样本以上的样本合并搜库，合并分析（节省?产成本）。
可以，若蛋?含量太低可以送多个胶条，但是胶条太?会增加实验成本，需要额外收费。
质谱的灵敏度?常?，实验环境中会有?法避免蛋白的污染，当样本中?标蛋?含量较低时杂质蛋?就凸显出来，通常为?蛋?污染，?般建议删掉杂质蛋白即可。
