微生物组学 Microbiomics：是一门研究特定环境或生态系统中全部微生物（细菌、古细菌、低等或高等真核生物和病毒）及其遗传信息的集合的学科。它包括了微生物与环境和宿主的相互作用，涵盖了微生物的种类、功能、遗传潜力等。
宏基因组学（Metagenomics）又名元基因组，鸟枪法宏基因组测序，绕过对微生物个体进行分离培养，应用基因组学技术对环境中全部微生物的群落组成及群落功能进行研究。
通过宏基因组学测序可以获得微生物体系群落组成、微生物和宿主的相互作用、难分离培养菌株的基因组序列、不同处理对物种和基因的影响以及功能基因及其丰度信息。
研究菌群的组成、功能等与疾病（如糖尿病、肥胖、高血压）之间的关系（粪便、肠道内容物、胃内容物、口腔微生物等）
不同营养状态或免疫水平下微生物物种和功能差异（瘤胃液、肠道内容物、粪便）
可再生生物资源里微生物组成及功能（活性污泥、深海样本等）
不同地域和气候下微生物物种和功能差异（土壤、根系、根内生菌等）
发酵工程种微生物群落和功能发生的变化（酒糟、酸奶、培养菌群等）
环境治理过程中微生物的变化（污水、污泥、淤泥等）
百余种不同环境样品，包括：粪便、肠道内容物、饲料、长粘膜、酒曲、土壤、瘤胃液、植物内生菌、牙菌斑、发酵液等
针对不同样本类型，采用不同的提取方法，使用illumina原装进口建库试剂盒
定量严格，数据产出均一性优
①基础分析
②常规分析：物种组成、Alpha和Beta多样性分析、基因预测及功能注释、功能注释丰度分析、物种注释丰度分析
③高级分析：宏基因组关键生物标志物筛选
④个性化分析：VFDB病原菌毒力因子注释、ARDB耐药基因注释、CARD抗性基因注释等（宏基因组）
发表期刊：Cell Host Microbe
影响因子：20.6
发表单位：海交通大学医学院附属瑞金医院
发表时间：2024.07.11
| 样本类型 | 16S rRNA | 宏基因组 |
| 粪便 | 0.5g | 1g |
| 肠道内容物 | 0.5g | 1g |
| 肠道组织 | 1g | 2g |
| 唾液 | 2-4mL | 5-10mL |
| 生殖道样本 | 刮片3片 棉拭子 3份 | 刮片3片 棉拭子 3份 |
| 固体类食品 | 60g | 60g |
| 液体类食品 | 50mL | 50mL |
| 土壤 | 2-5g | 2-5g |
| 植物内生菌 | ≥20个贴片、卷片组织 ≥1.5g石蜡块 | ≥20个贴片、卷片组织 ≥1.5g石蜡块 |
| 水样滤膜 | 直径3-5cm，3-5张 | 直径3-5cm，3-5张 |
