肽段?度分布：肽段过?或过短都?法在质谱仪中被检测到，肽段?度主要分布在7-25之间的数据属于正常状态；
母离子质量容差分布：肽段?离?的实测分?量和理论分?量的质量偏差分布在0附近，?部分小于10ppm，说明数据正常；
重复性CV分析：曲线上升越快说明样本整体的重复性越好；?般标记定量：CV=20%时累计蛋?含量达到80%以上为正常状态，?标定量CV=20%时累计蛋?含量达到60%以上为正常状态。
同?个group的所有蛋?含有相同的肽段（鉴定到的肽段），选择这些蛋白中总序列?度最?的蛋?作为这个group的代表，称为master protein，而每?个group独有的肽段，则称为Unique肽段，“独有肽段”是指该group相对于其他的group 来说所特有的肽段；
FDR指蛋?容错率。数据库检索的时候?般都会?正库（老师提供的数据库）和反库（数据库序列完全颠倒）分别对数据进?检索，然后对鉴定到的蛋?进?打分（数据库?对的正确率），根据分值?低进?排序。当反库鉴定到的蛋?数量超过5%的时候，剩余分值靠下的蛋?全部删除。以保证我们鉴定到的蛋?可信度保持的95%，且分值较?。
不能。蛋?是经过打断成为6-25个氨基酸左右的肽段上质谱的，根据所提供数据库中理论打断的肽段进??对得到的肽段序列，然后根据肽段序列对蛋?进?预测和定量。对于没有比对上蛋?的这些打断的肽段，软件?动就会进?过滤，在搜库结果中不会有任何呈现。可以参看结果?件中的PSM?件，这些肽段都是可以比对的上数据库的可信肽段。至于比不上蛋?的那部分肽段，也有可能是质谱的精度不够导致系统判定不可信，实验中我们会尽量避免这部分肽段的比例，所以这部分也不具单独分析的价值。
Label free采??级谱图进?定量，二级谱图进?定性；iTRAQ/TMT：采??级谱图定量和定性；DIA：?级谱图定量和定性；
可能的原因如下：A、只检测到了?于定性的肽段，?没有检测到可?于定量的唯?肽段，所以?定量数据。这种蛋?质在附表?中显示的unique peptide=0。
B、肽段被标记上而且被检测到了，但是由于信号值太低，导致信号强度积分数据赋值为零。
结题报告中质控报告部分的蛋?覆盖度分布图中的覆盖度是指某?蛋?鉴定到的所有unique肽段的?度之和占该蛋?全?的?例，?unique肽段是指可以表征某?蛋?的特有的肽段，所以决定蛋白覆盖 度??的因素有两个：蛋白鉴定到的unique肽段?度之和、蛋?的全?；有些蛋?全?较短，当该蛋白的所有unique肽段都鉴定到了，其覆盖度就会很?，也就说明该蛋?的可信度很?；?有些蛋?的全?很?，那么即便该蛋白的所有unique肽段都鉴定到了，其覆盖度依然会较低，所以并不能说这个蛋?的可信度很低，举例说明：蛋?A和蛋白B都有10个unique肽段，每个unique肽段?度均为10aa（10个氨基酸），蛋?A总?度是200aa，蛋?B总?度是1000aa，那么蛋?A和蛋?B都是可信度?常?的蛋白，只是蛋?A的覆盖度=10*10aa/200aa=50% ，蛋白B的覆盖度=10*10aa/1000aa=10%，所以蛋?覆盖度只是?个参考因素，而不是绝对依据。
